Фамилия Уйбин — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все остальные версии происхождения. В отличие от большинства русских фамилий на -ин, которые образованы от имён или прозвищ, эта фамилия, скорее всего, обязана своим появлением реке.

В Сибири, в Иркутской области, протекает река Уйба — правый приток Кана. Человек, живший на её берегах или переселившийся оттуда, мог получить прозвище Уйба, а его потомки стали Уйбиными. Модель образования проста: топоним (название реки) + суффикс -ин, означающий «чей?» — то есть «человек из рода того, кто с Уйбы». Такая схема типична для фамилий, возникших в среде крестьян и служилых людей в XVII–XVIII веках, когда осваивали Сибирь и записывали новосёлов по месту прежнего жительства.

Менее вероятно, но возможно, что в основе лежит личное имя или прозвище Уйба. В некоторых говорах «уйба» могло означать что-то связанное с водой, болотом или сыростью (ср. диалектное «уй» — заливной луг, или «уй» в значении «топь»). Однако, учитывая реальное существование сибирской реки Уйба, версия с топонимом выглядит гораздо убедительнее: она не требует натяжек и объясняет, почему фамилия встречается в основном за Уралом.

Суффикс -ин указывает на принадлежность к конкретному лицу, а не на сословную принадлежность. Уйбины не были ни дворянами, ни духовенством — это типичная крестьянская или казачья фамилия, закрепившаяся в Восточной Сибири. Встречается она редко, и почти все её носители, с высокой долей вероятности, являются потомками одного человека, который когда-то жил на реке Уйба или получил прозвище по ней.