Фамилия Уйшкуйников — редкий случай, когда основа слова не просто прозвище, а исторический термин, за которым стоит целое социальное явление. В отличие от большинства фамилий на -ов, образованных от профессий (Кузнецов) или личных имён (Иванов), эта указывает на род занятий, связанный с вольницей и разбоем.

Корень фамилии — «ушкуйник». Так в Новгородской республике XIV–XV веков называли участников вооружённых отрядов, ходивших в походы на ладьях — ушкуях. Ушкуйники грабили купеческие караваны на Волге и Каме, совершали набеги на земли Золотой Орды, а иногда промышляли и на русских реках. Прозвище «Ушкуйник» закреплялось за человеком буйного нрава, либо за тем, кто действительно участвовал в таких походах, либо за потомком бывшего ушкуйника — в мирное время это слово стало синонимом лихого, опасного человека.

Суффикс -ов в фамилии Уйшкуйников — стандартный патронимический, указывающий на принадлежность: «чей?» — Ушкуйников, то есть сын или потомок Ушкуйника. Однако написание с буквой «й» после «у» (Уйшкуйников вместо более логичного Ушкуйников) — это либо диалектная особенность произношения (в некоторых говорах «уй» звучало вместо «у»), либо ошибка переписчика при записи фамилии в документах. Такая орфографическая вариативность типична для фамилий, которые фиксировали на слух, а не по правилам.

Фамилия географически привязана к северу и северо-востоку Руси: Новгород, Вятка, Устюг. Именно оттуда ушкуйники совершали свои рейды. Встретить Уйшкуйниковых сегодня можно в основном в бывших новгородских землях и в Поволжье — местах, где память об ушкуйниках сохранялась дольше всего.

Другие версии — например, связь с тюркским словом «ушкуй» (что-то вроде «лодка») или с финно-угорским корнем — маловероятны. Русская ономастика (работы Б. Унбегауна, В. Никонова) однозначно выводит фамилию из древнерусского исторического термина. Учитывая редкость фамилии и её яркую семантику, можно с уверенностью сказать: предки носителя фамилии Уйшкуйников, скорее всего, были людьми с крутым нравом, жившими на границе государственного порядка и вольной стихии.