Фамилия Ужусените — редкий случай, когда русская фамилия выглядит как литовская или латышская. Окончание «-ите» совершенно нетипично для русских фамилий, где преобладают суффиксы -ов, -ин, -ский. В балтийских языках, особенно в литовском, фамилии с окончанием «-ите» (как и «-ене», «-уте») — это женские формы. Ужусените, скорее всего, образована от мужской основы Ужусенис, Ужусенас или просто Ужус, к которой добавили типичный литовский матримониальный (указывающий на замужнюю женщину) суффикс. То есть исходно носительница фамилии была женщиной, женой или дочерью человека по прозвищу Ужус.

Основа «Ужус» может восходить к литовскому «užuotis» — «убежище», «укромное место», или к диалектному «užusis» — «глухой, отдалённый угол». В таком случае фамилия могла означать «человек, живущий в глуши» или «тот, кто прячется». Есть и более прозаичная версия: «užusas» в некоторых говорах означало «сухостой», «валежник». Тогда прозвище давали человеку, который жил у сухостоя, либо по роду занятий — сборщику хвороста.

В русском контексте фамилия Ужусените могла появиться у потомков литовцев или латышей, переселившихся в Российскую империю в XIX веке, либо у обрусевших балтийских немцев, взявших местную фамилию. Встречается она в основном на северо-западе России — в Псковской, Новгородской, Ленинградской областях, а также в Калининградской области, где исторически сильны балтийские языковые влияния. Поскольку фамилия осталась в женской форме, её носительницы в России часто не склоняют её, что тоже выдает её иноязычное происхождение.

Словообразовательная модель проста: корень «ужус-» + суффикс «-енит-» (вариант «-ите»). Мужской аналог — Ужусенис — встречается ещё реже и обычно в Литве. В русских документах фамилию могли записывать с искажениями: Ужусените, Ужусенете, Ужусенит. Из-за редкости и необычности окончания фамилия часто привлекает внимание, но её значение не связано с ужами или змеями (вопреки возможной ложной ассоциации с русским словом «уж»).