Фамилия Вадодария — нечастая, и её происхождение почти сразу выдаёт географическую привязку. Скорее всего, перед нами не русская, а грузинская фамилия, точнее — западно-грузинская. Характерный суффикс -ия (в грузинском часто -ია) указывает на принадлежность к роду или местности. В грузинской ономастике фамилии на -ия особенно распространены в Имеретии, Гурии и Мегрелии, хотя встречаются и в других регионах.

Основа «Вадодар» — почти наверняка топонимическая. В Грузии есть село Вадодари (или Вадодара) — название, которое встречается в исторических записях. Фамилия, таким образом, означает «выходец из Вадодари» или «принадлежащий к Вадодари». Такая модель образования типична: человек, переселившийся из села, получал прозвание по месту, откуда пришёл, а его потомки закрепляли это прозвание как фамилию.

Сам топоним Вадодари, вероятно, восходит к древнегрузинскому слову, связанному с водой или влагой: «вaдo» (вaдa) в некоторых диалектах означало «канал», «арык» или «влажное место». То есть село могло стоять у реки, на болотистой почве или в районе орошаемых полей. Это не редкость для Западной Грузии, где обилие рек и дождей сформировало множество похожих названий.

Русская форма фамилии — Вадодария — появилась при записи в документах, когда грузинское окончание адаптировали под привычное для русского уха -ия. В самой Грузии фамилия могла звучать и как Вадодариа, и как Вадодаришвили (с патронимическим суффиксом), но вариант на -ия закрепился именно как родовой.

По социальному происхождению носители фамилии Вадодария относились к крестьянам или мелким дворянам — в Грузии XIX века многие фамилии на -ия носили как княжеские рода, так и свободные крестьяне. Точнее сказать без генеалогического исследования трудно, но массового дворянства среди Вадодария не зафиксировано. Сегодня фамилия встречается в Грузии и в диаспоре, особенно в России и странах бывшего СССР, куда предки переселились в советское время.