Фамилия Ваернен — редкая и нехарактерная для русской ономастической модели. Чтобы понять её происхождение, нужно сразу отбросить типичные русские суффиксы: здесь нет ни -ов, ни -ин, ни -ский. Окончание -ен наводит на мысль о западноевропейском, скорее всего скандинавском или немецком, следе. В русском языке такие фамилии почти всегда принесены переселенцами или обрусевшими иностранцами.

Скорее всего, в основе лежит немецкое или нидерландское слово. Если разобрать фамилию на части, можно увидеть корень «ваер» (нем. Wehr — «защита», «плотина», «шлюз»; или нидерл. waar — «правда», «истина») и суффикс -ен, который в германских языках часто указывает на принадлежность или происхождение (например, как в фамилиях Берген, Хаген). Таким образом, Ваернен могло означать «человек с плотины» или «живущий у защитного сооружения», если корень связан с водой и инженерными постройками. Версия с «правдой» (от waar) менее вероятна, так как в фамилиях реже закрепляются абстрактные понятия без дополнительного суффикса.

Есть и другой вариант: фамилия могла возникнуть в прибалтийско-немецкой среде. В остзейских губерниях Российской империи (современные Латвия и Эстония) жило много немецких дворян и бюргеров, чьи фамилии часто оканчивались на -ен. Если предки носителя фамилии были из этой среды, то Ваернен могло быть топонимической фамилией — по названию мызы или хутора. В таком случае основа «Ваер» — это искажённое местное название, которое со временем закрепилось за родом.

С точки зрения русского языка, фамилия Ваернен не склоняется по падежам как типичная русская: мы говорим «у Ивана Ваернена», но «у Петра Ваернен» (если носитель мужчина). Это тоже указывает на её иноязычное происхождение. В дореволюционных метрических книгах такую фамилию могли записывать с ошибками — как Ваерн, Ваернер или даже Ваернов, если писарь русифицировал окончание. Поэтому при поиске предков стоит учитывать варианты написания, особенно в документах XIX века.

Кем могли быть предки? Скорее всего, это не крестьяне и не купцы из центральной России. Наиболее вероятные версии: либо обрусевшие немцы, служившие в российской армии или на флоте (инженеры, офицеры), либо выходцы из Прибалтики, занимавшиеся ремеслом или торговлей. Фамилия остаётся редкой, и её носители сегодня, вероятно, могут проследить свои корни вплоть до конкретного региона — Германии, Нидерландов или бывших остзейских губерний.