Фамилия Вафленыч — редкий случай в русской ономастике, и её происхождение лежит не в глубине веков, а в относительно недавней языковой игре. Сразу стоит сказать: это не крестьянская фамилия, возникшая из прозвища по ремеслу или внешности. Её модель образования — патроним на -ич, который в русском языке закрепился за отчествами и за некоторыми фамилиями, чаще всего польского, белорусского или южнославянского происхождения. Но основа здесь — «вафля», заимствованное из немецкого Waffel.

Скорее всего, фамилия Вафленыч — искусственная. Такие фамилии могли давать в духовных училищах или семинариях в XIX веке, где будущим священникам и их детям присваивали благозвучные, часто «вкусные» или «цветочные» фамилии на латинский или греческий манер. Однако суффикс -ич для семинарских фамилий нехарактерен — там преобладали -ский, -ов или «переводные» латинизмы. Поэтому более правдоподобна другая версия: фамилия могла возникнуть в среде польской или белорусской шляхты, где патроним на -ич был нормой, и прозвище Вафля (от названия лакомства) прикрепилось к человеку за любовь к сладкому или за какое-то иное качество, а потом оформилось в фамилию Вафленыч — «сын Вафли».

Третий, самый простой вариант — фамилия появилась в XX веке как паспортная ошибка или сознательная шутка. В советское время, при выдаче паспортов, могли записать отчество как фамилию, особенно если человек хотел выделиться. Вафленыч — настолько необычное сочетание, что его носитель вряд ли скрывал происхождение: скорее всего, предок либо работал кондитером, либо имел забавное уличное прозвище, которое закрепилось в документах. В любом случае, фамилия не древняя и не массовая — её носители, вероятно, немногочисленны и сосредоточены в западных регионах России или в Беларуси.