Фамилия Вагелист — редкая и неочевидная для русского слуха. Если отбросить интуитивное желание связать её с «вагой» или «вагоном», становится ясно: перед нами не славянская, а скорее греческая или балканская модель фамилии. Основа здесь — греческое имя или прозвище Вагелис (Βαγγέλης), которое является уменьшительной формой от Эвангелос (Ευάγγελος) — «благая весть», то есть Евангелие. Суффикс -ист в данном случае — не типичный русский фамильный показатель, а скорее передача греческого патронимического окончания, адаптированного в русской записи.

В греческой среде фамилии на -ис, -ас, -опулос указывают на происхождение от предка с таким именем. Вагелист, таким образом, — потомок Вагелиса. Носители этой фамилии в России — почти наверняка потомки греческих переселенцев, которые селились в Причерноморье, в Крыму, на Кубани, в Мариуполе, а также в Одессе и других портовых городах. Волны эмиграции греков в Российскую империю пришлись на XVIII–XIX века, и фамилии часто искажались при записи в метрических книгах, поэтому вариант «Вагелист» вместо более привычного «Вагелис» или «Вангелис» — результат именно такой адаптации.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит особняком: окончание -ист в русских фамилиях почти не встречается (если не считать искусственных поздних образований вроде «тракторист»). Это сразу выдаёт иноязычное происхождение. Не стоит искать в ней славянский корень «ваг-» (от «вага» — вес, рычаг) — для этого нет никаких оснований, кроме внешнего сходства.

Географически фамилия Вагелист привязана к южным регионам России и Украины, а также к Греции. В документах XIX века её могли записывать по-разному: Вагелис, Вангелис, Вагелидис. Версия с -ист закрепилась, вероятно, из-за того, что переписчик или чиновник воспринял окончание как часть фамилии и перенёс его в неизменном виде. Социальный статус предков был разным: от рыбаков и торговцев до священников и учителей, но объединяла их греческая диаспора и православная вера.