Фамилия Вагенгейм восходит к немецкому глаголу wagen – «отваживаться, осмеливаться», либо к существительному Wagen – «экипаж, коляска». Компонент «гейм» представляет собой один из типичных немецких фамильных суффиксов. Он образован от слова Heim, которое в переводе на русский язык означает «отчий дом; очаг». Таким образом Вагенгейм – «дом Вагена».