Фамилия Вагиналий — редчайший случай в русской ономастике, и её происхождение вызывает больше вопросов, чем ответов. Сразу скажем: с медицинским термином «вагина» она, скорее всего, не связана, хотя внешнее сходство бросается в глаза. В русском языке слово «вагина» — заимствование из латыни, появившееся в научном обиходе не ранее XVIII века, а фамилии в основной массе формировались до этого времени. Поэтому искать здесь анатомический подтекст — значит идти по ложному следу.

Словообразовательная модель указывает на книжное, искусственное происхождение. Суффикс -ий характерен для фамилий, образованных от латинских или греческих основ, часто в среде духовенства (сравните: Виталий, Ювеналий, Анатолий). Семинаристы при поступлении нередко получали новые фамилии, составленные из благозвучных латинских корней. Вагиналий мог возникнуть от латинского vagina — «ножны, футляр, оболочка» (вне анатомического контекста это слово означало вместилище для меча или чехол). В таком случае фамилия могла означать «принадлежащий к ножнам» или «хранитель ножен» — метафорическое прозвище для оружейника, воина или человека, связанного с изготовлением снаряжения.

Есть и другая версия: основа могла восходить к греческому βαγήνη (bagēnē) — «узда, поводья». Если так, то фамилия Вагиналий могла указывать на конюха, возницу или человека, объезжающего лошадей. Однако эта гипотеза менее вероятна, так как греческая лексема редка и вряд ли была употребительна в русской семинарской среде.

Точных исторических сведений о носителях фамилии Вагиналий почти нет. В дореволюционных источниках она не встречается в массовых списках крестьян или мещан — это указывает на её элитарное, вероятно, духовное происхождение. Скорее всего, фамилия была дана одному человеку или одной семье при обучении в семинарии и не получила широкого распространения. В современной России она встречается единично, что только подтверждает её уникальность. Если вы носите эту фамилию, то, скорее всего, ваш предок был выпускником духовного училища, которому наставник подобрал звучное латинское имя, переосмыслив бытовое слово в книжное.