Фамилия Вагинштейн — пример фамилии, которая почти наверняка имеет искусственное, «кабинетное» происхождение, а не народное прозвищное. Это характерная черта для многих фамилий на -штейн, которые в XVIII–XIX веках массово получали евреи на территории Австро-Венгрии, а затем и в Российской империи, особенно в черте оседлости.

Разберём состав. Вторая часть — -штейн — с немецкого «камень». В фамилиях такого типа она часто указывала на место жительства (например, Розенштейн — «розовый камень»), но могла и просто служить красивым, «благозвучным» окончанием, которое чиновники добавляли к основе. Первая часть — Вагин — не имеет отношения к анатомии, как может показаться современному читателю. Это русифицированная форма еврейского мужского имени Вольф (волк) или его варианта Велвл. В идише звучание могло передаваться как «Вэлвл» или «Волв», а в документах часто писали «Вагин» или «Ваганов» по аналогии с русскими отчествами на -ин. Таким образом, Вагинштейн — это «камень (или сын) Вольфа/Волка».

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с немецким словом Wagen (повозка, телега) или Wägen (взвешивать). В таком случае фамилия могла бы означать «весовой камень» (гиря) или «камень для телеги», но это скорее калька, чем реальная основа. Первая версия — от имени — поддерживается тем, что в еврейской ономастике фамилии, образованные от библейских и обиходных имён, — самый массовый пласт. Вагинштейн — не исключение, а типичный представитель этой модели.

Географически фамилия тяготеет к западным губерниям Российской империи и Царству Польскому. В современной России она редка, но встречается. Носители этой фамилии, скорее всего, были мещанами или купцами, а не крестьянами, так как фамилии на -штейн у крепостных крестьян (ни еврейских, ни русских) почти не фиксируются. Сословная принадлежность предков — городские жители, ремесленники или торговцы, получившие фамилию при переписях конца XIX века.