Фамилия Ваикулс — редкий пример балтийского наследия на русской почве. Её основа — прозвище, которое, скорее всего, относилось к профессиональным именованиям. Наиболее убедительная версия возводит его к древнепрусскому слову woykello, означающему «сельскохозяйственный рабочий». Древние пруссы, жившие на территории современной Калининградской области и южной Литвы, оставили после себя пласт лексики, который почти не сохранился в фамилиях восточных славян. Если принять эту версию, предок носителя фамилии был батраком или наёмным работником в поле, а прозвище закрепилось за ним по роду занятий.

Есть и альтернативные объяснения, но они менее надёжны. По одной из них, прозвище связано с литовским словом weikals — «магазин». Тогда родоначальник мог быть лавочником или содержать торговую точку. По другой версии, в основе лежит литовское прилагательное vaikul — «скорый, быстрый». В этом случае прозвище дали человеку за резвую походку или, в переносном смысле, за сообразительность и ловкость. Однако обе эти гипотезы упираются в то, что слово vaikul в литовском языке не является распространённым и встречается скорее в диалектах, а weikals — заимствование из немецкого, что делает его появление в прозвище маловероятным без дополнительных исторических свидетельств.

Сама модель образования фамилии — без суффикса, чистая основа прозвища — характерна для литовских и латышских фамилий, где окончание -с указывает на мужской род. В русском языке такие фамилии, как Ваикулс, остаются несклоняемыми, что сразу выдаёт их иноязычное происхождение. В отличие от массовых русских фамилий на -ов или -ин, эта фамилия не могла возникнуть в центральных губерниях России — её география привязана к западным окраинам империи, где жили балтийские народы. Окончательно определить, кем был первый Ваикулс — подёнщиком, купцом или быстроногим парнем — можно только после изучения конкретных записей метрических книг или ревизских сказок в приграничных уездах.