Фамилия Ваханцева — женская форма мужской фамилии Ваханцев. Её основа — прозвище или некалендарное имя Вахан. Слово «вахан» в русских говорах имело несколько значений, и чтобы понять, какое из них легло в основу, нужно смотреть на регион.

Самая вероятная версия связана с диалектным словом «вахать» — кричать, шуметь, плакать. В этом случае Ваханом могли прозвать крикливого ребёнка или человека с громким голосом. В некоторых областях «вахоня» означало разиня, ротозей, а «вахлять» — делать кое-как, работать небрежно. Соответственно, прозвище могло указывать на характер или манеру поведения.

Менее распространённая, но возможная версия — происхождение от крестильного имени Варфоломей в его просторечной форме. В русской традиции сложные имена часто сокращали до неузнаваемости: Варфоломей → Вахрамей → Вахан. Суффикс «-ев» указывает на принадлежность: Ваханцев — сын или потомок Вахана. Окончание «-а» в женской форме (Ваханцева) — стандартный грамматический показатель рода.

Фамилия редкая, её очаг, скорее всего, находится в северных или центральных областях России, где были распространены подобные диалектизмы. Ваханцевы — не дворянский род, а потомки крестьян или посадских людей, получивших фамилию по уличному прозвищу предка.