Фамилия Вакидин — редкая и морфологически нестандартная. Её основа — Вакид — не встречается ни в древнерусских именах, ни в крестильных святцах. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Вакидин», то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Вакида. Но если бы исходная форма звучала как Вакида, фамилия логично писалась бы через «а» на конце (Вакидин). Здесь же мы видим «д» перед суффиксом, что наводит на мысль об искажении или более сложной словообразовательной цепочке.

Вероятнее всего, перед нами вариант фамилии Вакидов или Вакиддин, упрощённый при записи. Корень «вакид» мог прийти из тюркских языков. В татарском, башкирском, казахском «вакид» (ваҡыт) означает «время», «срок», «пора». Прозвище Вакид могли дать пунктуальному человеку, либо тому, кто родился в особое время — например, на закате или в час молитвы. Встречается и арабское имя Вакид (с ударением на второй слог) — «пылающий», «жгучий», но оно нехарактерно для русской православной среды, а значит, фамилия, скорее всего, имеет тюркские корни и принадлежит к пласту фамилий крещёных татар или башкир.

С точки зрения географии, фамилия Вакидин крайне локальна. Она не фиксируется в массовых списках XIX века по центральным губерниям. Если и встречается, то в Поволжье или на Южном Урале — регионах, где русское население веками соседствовало с тюркским. Интересно, что суффикс -ин в таких фамилиях — признак обрусения: тюркское прозвище оформили по русской модели, как «Саранин» от Сарана или «Алтынин» от Алтын.

Двойное «д» в середине (Вакиддин) могло бы указывать на мусульманское имя Вакыддин (от араб. «вакид» + «дин» — «вера», «религия»), но в таком случае фамилия чаще писалась бы как Вакиддинов. Усечение до формы Вакидин — результат либо ошибки писаря, либо адаптации в русской среде, где двойные согласные нередко упрощали. Таким образом, носитель фамилии, скорее всего, потомок человека, которого в тюркоязычной среде звали Вакид (или Вакиддин), а в русском документе записали с суффиксом -ин, отсекая лишний слог.