Фамилия Вангуин — редкая для русской ономастики, и её происхождение лежит не в славянских, а в западноевропейских языках. Скорее всего, это русифицированная форма голландской или фламандской фамилии Van Guijn или Van Gijn. Приставка «Ван-» (van) в нидерландском языке означает «из» или «с» и указывает на происхождение из определённой местности. Вторая часть, «гуин», может быть связана с названием реки Гейн (Gein) в Нидерландах или с диалектным словом, обозначающим узкую полосу земли, канаву или межу. Таким образом, первый носитель такой фамилии мог быть выходцем с берегов реки Гейн или из поселения, стоявшего на такой меже.

В России фамилия Вангуин, вероятнее всего, появилась благодаря переселенцам из Голландии или Бельгии, которых приглашали в страну начиная с петровских времён. Среди них были инженеры, корабелы, мастера и офицеры. Фамилия могла быть записана на слух русскими писарями, которые не были знакомы с нидерландской орфографией, поэтому «Van Gijn» превратилось в слитное «Вангуин» без удвоения и с окончанием, привычным для русского уха.

Есть и менее вероятная, но возможная версия: фамилия могла возникнуть в среде остзейских немцев или шведов, имевших контакты с голландской культурой. В любом случае, корень фамилии не связан с русскими прозвищами или именами, а её суффикс — нулевой, что для русской модели образования нетипично и выдает иноязычное происхождение. Носители фамилии Вангуин в дореволюционной России, скорее всего, принадлежали к городскому сословию или к обрусевшим иностранным специалистам, а не к крестьянам или купцам.