Фамилия Ваноков — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять её корень, стоит в первую очередь обратить внимание на суффикс. Модель «-ов» указывает на типичную русскую патронимическую фамилию, образованную от имени или прозвища предка. Основа здесь — «Ванок». Скорее всего, это уменьшительная форма от канонического имени Иван, широко распространённого в старину. Уменьшительных вариантов от Ивана было множество: Ваня, Ванюта, Ванятка, Ванок. Форма «Ванок» характерна для некоторых южнорусских и украинских говоров, где «оканье» или специфическое окончание давало такие варианты. Таким образом, Ваноков — это буквально «сын Ванока», то есть потомок человека, которого в быту звали уменьшительно-ласкательным именем Ванок.

Есть и другая, менее вероятная версия. В некоторых диалектах слово «ванок» могло означать нечто иное, например, относиться к ремеслу или предмету. Однако в доступных ономастических источниках, включая работы Б. Унбегауна, такая основа как редкая или локальная не фиксируется. Прозвище от нецерковного имени — более типичный путь для русских фамилий, чем от нарицательного с неясной этимологией. Поэтому версия с производным от Ивана выглядит правдоподобнее.

Географически фамилия встречается нечасто и не имеет ярко выраженного «гнезда» в одном регионе. Можно предположить, что её носители происходят из мест, где бытовала именно форма «Ванок» — из южных областей России или с Украины. Социальный статус предков, скорее всего, был крестьянским или мещанским: в дворянской среде такие просторечные уменьшительные формы в качестве основы фамилии почти не встречались.

Словообразовательно фамилия проста: корень «ванок» плюс суффикс принадлежности «-ов». Ударение, судя по аналогии с фамилиями на «-оков» (например, Шестоков), падает на второй слог: ВанОков. Хотя в быту возможны варианты. Для человека, носящего эту фамилию, главная зацепка — имя Иван и его многочисленные народные формы, одна из которых и закрепилась в роду.