Фамилия Ванюсев — один из тех случаев, когда за патронимическим на первый взгляд суффиксом -ев скрывается не отчество, а прозвище, причём довольно редкое. Если бы фамилия происходила напрямую от имени Ваня (уменьшительного от Иван), мы бы ждали форму Ванюшин или Ванюков. Суффикс -усев указывает на иную модель: прозвище Ванюс образовано от того же имени Иван, но с помощью экспрессивного суффикса -ус, который в русских говорах придавал слову фамильярно-пренебрежительный или шутливый оттенок. То есть Ванюс — это не просто Ваня, а «Ванька», «парень по имени Иван, но с оттенком снисходительности».

Однако есть и вторая, более прозаическая версия, которую поддерживает ономаст Б. Унбегаун в своих работах по русским фамилиям. Суффикс -ус мог попасть в фамилию не из прозвища, а из канонической формы имени — через греческое Иоаннус. В некоторых регионах, особенно среди духовенства, семинаристы и священники «перекраивали» крестьянские фамилии на латинский или греческий манер. Так Иван мог превратиться в Ваннус, а его сын — в Ваннусева. Со временем двойное «н» стянулось, и получился Ванюсев. Эта версия объясняет, почему фамилия встречается не повсеместно, а локально — в тех губерниях, где была сильна семинарская традиция.

География фамилии подтверждает её не-массовый характер. По данным переписей XIX века, Ванюсевы — это в основном крестьяне и мещане северных и центральных губерний: Вологодской, Костромской, Вятской, изредка — Рязанской. В южных и сибирских регионах фамилия практически не фиксируется, что говорит о её узко-региональном происхождении. В современных телефонных справочниках основное гнездо Ванюсевых остаётся в Кировской области и Удмуртии.

Словообразовательно фамилия стоит в одном ряду с такими редкими формами, как Сенюсев (от Сеня) или Костюсев. Все они образованы по одной модели, но Ванюсев — самая частая из них. Если сравнивать с однокоренными Ванюков, Ванюшин, Ваньков, то Ванюсев выделяется именно суффиксом, который в XVIII–XIX веках был скорее просторечным, чем книжным. Поэтому, скорее всего, предок носителя фамилии был не священником, а простым крестьянином, которого в деревне дразнили Ванюсом — с лёгкой усмешкой, но без злобы.