Фамилия Варбункестерниторов — один из самых редких и, на первый взгляд, необъяснимых случаев в русской ономастике. Её длина и необычный звуковой состав сразу выдают искусственное происхождение: вряд ли такое прозвище могло возникнуть в крестьянской или купеческой среде естественным путём. Скорее всего, мы имеем дело с фамилией, придуманной в семинарской или училищной среде, где из длинных латинских или греческих слов, а также библеизмов, составляли «учёные» фамилии для духовенства.

Разбор морфологии показывает, что фамилия построена по стандартной русской модели на -ов: основа Варбункестернитор- плюс патронимический суффикс. Если отбросить окончание, остаётся некая основа, которая не имеет очевидных славянских корней. Вероятно, это переделка латинского словосочетания или имени. Например, можно предположить искажение от лат. verbum (слово) и custos (страж) или от греч. βαρύς (тяжёлый) и лат. custos — «тяжёлый страж». Но более правдоподобна версия, что это сложносоставное имя-прозвище из церковной среды: «Вар-бун-кестер-ниторов» могло возникнуть как шуточное или нарочито торжественное прозвище для человека, который любил говорить длинно и витиевато, или для того, кто служил при церковных книгах.

В пользу семинарской гипотезы говорит и суффикс -ов: в XVIII-XIX веках будущие священники и дьячки нередко получали фамилии от латинских или греческих слов, которые они учили в бурсе. Иногда такие фамилии давались по месту службы или по характеру: например, «Варбункестерниторов» могло быть переосмыслением названия церковной должности (вроде «книгохранитель»), но в искажённом, почти гротескном виде. Впрочем, не исключено, что это поздняя искусственная фамилия, созданная в канцелярии для придания «благородного» звучания.

Географически фамилия не привязана к какому-либо региону — в переписях и метрических книгах XIX века она не встречается. Скорее всего, её носители — единичные семьи, возможно, потомки духовенства из центральных губерний России. Известных публичных людей с такой фамилией нет, что подтверждает её исключительную редкость. Для потомка Варбункестерниторов это означает, что его предки, скорее всего, были людьми книжными, связанными с церковью или учебными заведениями, а сама фамилия — искусственный, но яркий след той эпохи, когда русские фамилии конструировали из латыни и греческого.