Фамилия Вархтерам — редкий случай в русском ономастиконе, и её разбор упирается в вопрос: перед нами исконно русское образование или фамилия, записанная на слух и адаптированная русским языком? Скорее всего, второе. Форма «Вархтерам» совершенно нетипична для славянских фамильных суффиксов. В русском языке фамилии оканчиваются на -ов, -ев, -ин, -ский, -их, -ых, реже на -ко, -чук, -енко. Окончание «-ам» — это окончание дательного падежа множественного числа (кому? — вархтерам). В русской традиции так могли зафиксировать фамилию, если её носитель был, например, приписан к общине или назван по месту жительства в форме «из вархтеров», но сама основа явно не славянская.

Наиболее вероятная версия — фамилия восходит к немецкой основе. Слово «Wächter» (вахтер) означает «сторож», «охранник», «смотритель». В немецком языке есть фамилия Wächter, которая в России могла искажаться при записи: утрата умлаута, замена «ä» на «а», добавление окончания множественного числа «-ам» как попытка осмыслить её по-русски (сравните: «он из Вархтеров» → «он Вархтерам»). В пользу этой версии говорит и то, что в Российской империи, особенно в Поволжье и Прибалтике, было много немецких колонистов, чьи фамилии русифицировались именно так — через падежные окончания.

Вторая, менее вероятная гипотеза — фамилия могла возникнуть от прозвища «Вархтер», которое давали человеку, служившему сторожем или вахтером. Но в русском языке слово «вахтер» закрепилось поздно, и прозвищная форма с корнем «вархт-» (а не «вахт-») почти не встречается. Кроме того, фамилии, образованные от названий профессий, обычно имеют суффикс принадлежности: Вахтеров, Вахтеркин, а не Вархтерам.

Таким образом, фамилия Вархтерам — это, скорее всего, результат письменной фиксации немецкой фамилии Вэхтер (Wächter) в русском делопроизводстве, где её записали в дательном падеже множественного числа. Носители такой фамилии могли быть потомками немецких переселенцев или людей, служивших сторожами при учреждениях. Географически фамилия встречается крайне редко, и её следы стоит искать в архивах немецких колоний на Волге или в Прибалтийских губерниях.