Фамилия Варнетская — редкий случай, когда географическая основа очевидна, а корень вызывает вопросы. Суффикс -ск- указывает на то, что перед нами типичная «географическая» фамилия, образованная от названия места. Такие фамилии чаще всего носили дворяне, получившие фамилию по своему поместью, или выходцы из определённой местности, которых записывали по месту прежнего жительства. Мужской вариант — Варнетский.

Главная загадка — в основе «Варнет». Скорее всего, это название населённого пункта, но на картах современной России и сопредельных государств топоним «Варнет» или «Варнета» встречается крайне редко. Можно предположить, что село или хутор с таким именем существовал, но исчез или был переименован. В польской и западноукраинской ономастике встречаются похожие названия, например, Варня (Warnia) или Варненты, что указывает на возможное западное происхождение фамилии.

Если отбросить географию, остаётся версия, что в основе лежит прозвище или дохристианское имя. «Варнет» могло быть искажённой формой слова «варнак» — так в Сибири и на Урале называли каторжника, бродягу или отчаянного человека. Однако в сочетании с дворянским суффиксом -ск- это маловероятно: вряд ли разбойничье прозвище легло бы в основу фамилии землевладельца. Более правдоподобна связь с немецким или шведским корнем (Warn-, Warnet), что могло указывать на иноземное происхождение рода, попавшего на русскую службу и получившего поместье.

Таким образом, носитель фамилии Варнетская, скорее всего, происходит из обедневшего или нетитулованного дворянского рода, чьё родовое гнездо носило название Варнеты или Варнет. Точное местоположение этого места сегодня установить трудно, но поиски стоит вести в западных губерниях Российской империи — на территории современной Беларуси, Украины или Прибалтики, где подобные топонимы были распространены.