Фамилия Ватарапин — редкий случай, когда основа слова не поддаётся однозначной расшифровке с ходу. В ней нет привычного славянского корня, который сразу бы указал на профессию или внешность предка. Чтобы понять, откуда она взялась, придётся разобрать её по частям и заглянуть в соседние языки.

Словообразовательная модель простая: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»). В русской традиции так образовывали фамилии от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а/-я. Значит, в основе лежит слово «Ватарапа» — так могли прозвать конкретного человека. Вопрос: что это слово означало?

Самая правдоподобная версия ведёт в греческий язык. Слово βαταράπης (ватарапис) в южнорусских и украинских говорах означало «проходимец», «плут», «ловкач». Фамилия могла закрепиться за человеком с таким прозвищем — не обязательно в осуждение, часто в ироничном бытовом смысле. Греческое влияние на юге России и в Причерноморье было сильным, особенно среди торговцев и моряков.

Вторая версия, менее вероятная, но не фантастическая, — связь с тюркскими языками. В некоторых тюркских наречиях «ватар» или «батыр» может означать «богатырь», «удалец». Однако суффикс -апин в таком случае выглядит чужеродно, а фамилии с тюркской основой обычно оформляются через -ов/-ев, а не -ин. Поэтому греческий корень остаётся основным.

Географически фамилия Ватарапин встречается крайне редко. Основные следы ведут в Ростовскую область и Краснодарский край — регионы, где исторически смешивались русские, украинцы, греки и носители тюркских языков. Это косвенно подтверждает версию о южном, возможно греческом, происхождении прозвища.

Фамилия не имеет отношения к дворянским родам — она крестьянская или мещанская, возникла в среде, где прозвища давали по поведению или характерной черте. Ватарапин — не «сын Ватарапа», а «человек из рода того, кого звали Ватарапа». Перекличка с фамилией Ватарашвили (с грузинским суффиксом) тоже возможна, но это отдельная история, требующая проверки по конкретным носителям.