Фамилия Ватикиоти звучит непривычно для русского уха, и это первый ключ к её разгадке. Она явно не славянская, и её происхождение напрямую связано с греческим языком и православной традицией. Основа фамилии — «ватики» — это искажённое на слух греческое слово «ватики» (βατική), что означает «ваточный» или «хлопковый». Однако, скорее всего, в основе лежит нечто иное: «ватики» могло быть прозвищем, производным от слова «вати» (βάτος) — «куст», «терновник», или от «ватис» (βαθύς) — «глубокий». Второй вариант более вероятен для прозвища: «Ватики» — «глубокий», возможно, человек с низким голосом, глубокими мыслями или живущий в глубоком овраге.

Фамилия образована по греческой модели с суффиксом «-оти», который указывает на принадлежность к местности или роду. В русской передаче этот суффикс часто упрощается до «-оти», а окончание «-и» — типичное для русской адаптации греческих фамилий (сравните с фамилиями Пападопулос, Карамазов — в греческом оригинале они звучат иначе). Таким образом, Ватикиоти можно перевести как «из рода Ватики» или «выходец из места, называемого Ватика». Важно не путать с Ватиканом — это случайное созвучие, не имеющее отношения к папскому престолу.

География фамилии узкая. Ватикиоти — типичная фамилия понтийских греков, переселенцев из Малой Азии (современная Турция) и Причерноморья. В России и странах бывшего СССР она встречается в Краснодарском крае, Ставрополье, Ростовской области, а также в Грузии и на Украине — там, где компактно селились греки в XIX — начале XX века. Многие носители фамилии — потомки греков, бежавших от геноцида 1915–1923 годов.

Сословно фамилия не указывает на дворянство или знатность. Её носители в основной массе были крестьянами, ремесленниками, торговцами. В греческой среде фамилия могла принадлежать и священникам, так как греческое духовенство часто носило фамилии, образованные от прозвищ, связанных с местностью или характером.

Что касается написания, встречаются варианты: Ватикиоти, Ватикиотис (с греческим окончанием), реже — Ватикиотти. Двойное «т» — результат случайной орфографической ошибки, не меняющей смысла.