Фамилия Ватыкина — вариант женской формы фамилии Ватыкин, и её разговорная, неофициальная огласовка в родительном падеже («дочь Ватыкина») закрепилась как самостоятельная фамилия. В русской ономастике это типичная модель: в паспортных записях XIX века женщину часто фиксировали по мужу или отцу в форме притяжательного прилагательного, и со временем такие формы стали передаваться по наследству.

Основа фамилии — «Ватыка» или «Ватык». Это прозвище, которое могло образоваться от глагола «ватыкать» (втыкать, вонзать) или от диалектного «ватыкаться» — мешкать, задерживаться, делать что-то неловко. В северных и сибирских говорах «ватыка» также называли неуклюжего, неповоротливого человека. Вторая версия, менее вероятная, но возможная: от имени Ватыка как уменьшительной формы крестильного имени Ват (редкое, греческого происхождения, от bathys — глубокий). Однако в русской традиции такие имена почти не встречались, поэтому прозвищное происхождение надёжнее.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «сын Ватыки». Такие фамилии на «-ин» в русском языке чаще всего образовывались от основ на -а, -я. В сословном отношении Ватыкины могли быть крестьянами или посадскими людьми, поскольку фамилии на «-ин» в центральной России и на Севере широко бытовали именно в этих средах. Дворянские роды с таким окончанием встречаются реже и обычно имеют другую, более книжную основу.

Географически фамилия Ватыкина привязана к регионам, где активно использовался суффикс «-ин» и где бытовало слово «ватыка»: это Архангельская, Вологодская, Вятская области, а также Урал. В переписях XIX века носители фамилии встречаются в документах по Шенкурскому и Сольвычегодскому уездам.

Интересная деталь: в некоторых старых записях фамилию могли писать через «о» — «Вотыкина», что отражает акающее произношение. В современных базах данных фамилия редкая, её концентрация заметна в Пермском крае и Кировской области. Таким образом, Ватыкина — фамилия, прямо указывающая на прозвище предка, которое давалось по внешности или поведению, и закрепившаяся в северорусском ареале.