Фамилия Вайдаковская — редкая и структурно примечательная. Её основа — Вайдак — с почти стопроцентной вероятностью восходит к литовскому или польскому имени Vaidakas (Вайдакас), которое в свою очередь связано с литовским глаголом vaidyti — «являться, показываться» или vaidinti — «играть роль, представлять». В литовской антропонимике корень Vaid- — один из продуктивных: от него образованы имена Вайдас, Вайдис, Вайдакас. Таким образом, Вайдак — это либо дохристианское личное имя, либо прозвище (например, «видящий», «провидец» или, наоборот, «призрак»). Второй вариант — от польского wajda (вайда) в значении «предводитель, старшина» (слово тюркского происхождения, проникшее через украинское и белорусское посредство).

Суффикс -овск- указывает на типичную для восточнославянских фамилий модель образования от географического названия или от имени владельца поместья. Фамилии на -ский/-цкий в массе своей принадлежали шляхте и духовенству, но к XIX веку распространились и среди крестьян, особенно в западных губерниях. Вайдаковская — форма женского рода; мужской вариант — Вайдаковский. Окончание -ая характерно для русской грамматической традиции (ср. Орловская, Троицкая), что отличает её от польской формы Вайдаковска.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам бывшей Речи Посполитой: современные Беларусь, Литва, восток Польши. Встречается в Гродненской и Витебской областях, а также среди потомков переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке (куда ссылали участников восстаний). Скорее всего, предки носительницы фамилии были либо мелкой шляхтой, владевшей хутором Вайдаково (или Вайдаковка), либо выходцами из литовских или белорусских крестьян, получивших фамилию по имени или прозвищу родоначальника.

Менее вероятная, но лингвистически возможная версия — связь с тюркским словом «вайда» (индиго, краситель), но в этом случае фамилия выглядела бы иначе (Вайдов, Вайдин) и вряд ли обрела бы польско-литовский суффикс -ск-. Поэтому основная гипотеза — балто-славянское происхождение с корнем «видение» или «предводительство».