Фамилия Ваймугина — редкий случай, где географическая привязка говорит больше, чем разбор корня. Скорее всего, это женская форма фамилии Ваймугин, а её основа — прозвище Ваймуга. Чтобы понять, откуда оно взялось, нужно смотреть не на словари древнерусских имён, а на карту Русского Севера.

Самая вероятная версия связывает фамилию с рекой Ваймуга в Архангельской области (правый приток Северной Двины). В этом случае прозвище по месту жительства — «живущий на Ваймуге» — было обычной практикой для поморских крестьян. Гидронимы часто становились фамилиями без дополнительных суффиксов: человека могли называть просто по реке или деревне, а потом к этому прозвищу добавили фамильный суффикс -ин. Модель прозрачная: Ваймуга → Ваймугин → Ваймугина. В пользу этой версии говорит и то, что фамилия встречается в основном в северных регионах, особенно в Архангельской области.

Менее убедительна попытка вывести корень из прибалтийско-финских языков, где «ваймо» (vaimo) означает «жена, женщина». Но для прозвища «Ваймуга» такая основа маловероятна — в русской ономастике не зафиксированы случаи, когда бы мужчину называли по финскому слову «жена». Скорее всего, это случайное созвучие.

Фамильный суффикс -ин указывает на принадлежность: Ваймугин — «сын Ваймуги». Это одна из самых распространённых моделей в русских фамилиях, особенно на Севере и в центральных областях. Ударение, судя по произносительной традиции, падает на второй слог: Вайму́гина.

Таким образом, носительница фамилии Ваймугина почти наверняка происходит из крестьянского рода, жившего на берегах северной реки. Фамилия не имеет отношения к дворянству или служилым людям — это чисто географическое прозвище, которое закрепилось за семьёй и дошло до наших дней.