Фамилия Ваыпваыа, на первый взгляд, кажется случайным набором символов, но в рамках русской ономастики её можно попытаться осмыслить. Скорее всего, это нестандартная запись более привычной фамилии, возникшая из-за опечатки или ошибки при переписи. В русском языке нет корней «ваып» или «ваыпв», поэтому основа фамилии — искусственная или искажённая. Если предположить, что это результат механической ошибки, то ближайшая реальная модель — фамилии с суффиксом -ов/-ев, образованные от прозвищ или имён, но здесь основа нечитаема.

С точки зрения словообразования, суффикс -а (в окончании) типичен для русских фамилий женского рода в именительном падеже, но в мужском варианте фамилия, вероятно, оканчивается на -ов или -ин. Если отбросить окончание «а», остаётся основа «Ваыпваы», которая не соотносится ни с одним известным славянским корнем. Возможно, это калька с иностранной фамилии, переданной кириллицей без адаптации, или же фамилия, возникшая в результате слияния нескольких слов, но подтвердить это невозможно из-за отсутствия исторических записей.

География бытования фамилии Ваыпваыа не прослеживается: она не встречается в справочниках, переписях или базах данных русских фамилий (например, в работе Б. Унбегауна «Русские фамилии» или у В. Никонова). Это указывает на то, что фамилия либо крайне редкая, либо является единичным новообразованием. В таких случаях предки носителя могли получить фамилию при паспортизации в XIX–XX веках, когда чиновники на слух записывали необычное прозвище или имя, но и эта версия натянута из-за странного звукового состава.

Самая правдоподобная гипотеза — опечатка в документах. Например, исходной могла быть фамилия Варыпаев, Варыпаев или Вапырев, где буквы «ы» и «п» возникли из-за неразборчивого почерка или ошибки машинистки. В таком случае корень мог восходить к диалектному слову «варыпать» (мешать, путать) или прозвищу Варыпай (непоседливый человек). Но поскольку точных данных нет, фамилия Ваыпваыа остаётся лингвистическим курьёзом: её происхождение — не история рода, а история ошибки, закреплённой в паспорте.