Фамилия Вайтекус — это литовская или латышская адаптация польской фамилии Вайтек (Войтек), а та, в свою очередь, восходит к старинному славянскому имени Войтех (в польском звучании — Войцех). Смысл этого имени прозрачен: оно складывается из корней «вой» (воин, войско) и «тех» (утешение, отрада). Буквально — «тот, кто приносит утешение и силу войску». Имя было очень популярно в средневековой Чехии и Польше, особенно после канонизации святого Войцеха (Адальберта Пражского).

Литовский суффикс «-ус» (-us) в фамилии Вайтекус указывает на то, что предок носителя фамилии жил на территории Великого княжества Литовского или в более поздних границах этнической Литвы. Окончание «-ус» — типичный способ литуанизации славянских фамилий: польское «Вайтек» превращалось в «Вайтекус» при переходе в литовскую языковую среду. Так же появились, например, фамилии Петраускас (от Петр) или Адамкус (от Адам).

Есть и вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование: фамилия могла пойти не от имени, а от прозвища Войт. Войт (от нем. Vogt) — это сельский староста, судья или управляющий в польских и литовских деревнях. В таком случае Вайтекус — это «сын войта» или «потомок человека, который был войтом». Однако эта версия слабее: фамилии от должностей обычно сохраняют основу без уменьшительного суффикса «-ек» (сравните: Войтович, а не Войтек).

В бытовом плане фамилия Вайтекус — маркер пограничья, где переплелись польская шляхетская культура, литовское крестьянство и латышское влияние. Носители этой фамилии встречаются не только в Литве и Латвии, но и в западных областях Беларуси, а также среди потомков эмигрантов в США и Канаде. В России фамилия редкая, её можно встретить в основном в Калининградской области и среди потомков ссыльных литовцев.