Фамилия Вебелюнас — редкий для русского уха случай литовской фамилии, попавшей в русский контекст. Она образована по типичной литовской модели: к основе прибавляется суффикс -юнас (-iūnas), который в литовском языке указывает на принадлежность, происхождение или, чаще всего, на сына по отцу. То есть Вебелюнас буквально означает «сын Вебеля» или «из рода Вебеля». Основа Вебел- (Vėbelis, Vėbelas) в литовском языке, скорее всего, восходит к слову vėblys — «вертлявый, непоседливый человек» или, по другой версии, к vėbėti — «шататься, слоняться без дела». Таким образом, прозвище Вебелис могли дать человеку подвижному, неспокойному или, наоборот, тому, кого считали бездельником. Встречаются и литовские фамилии Вебелис, Вебеле, так что Вебелюнас — патроним, то есть «сын такого-то».

Поскольку фамилия литовская, её география — прежде всего Литва, а также приграничные районы Беларуси, Польши и Калининградской области, куда литовцы переселялись веками. В русском языковом окружении окончание -ас не склоняется по падежам, а сама фамилия может восприниматься как экзотическая. В официальных документах Российской империи её могли записать как Вебелюнас или, при русификации, переделать в Вебелюнов, но оригинальная форма сохранилась.

Примечательно, что в литовской ономастике суффикс -юнас считается более архаичным, чем современные -итис или -авичюс, и часто встречается в восточной и южной Литве (Жемайтия, Аукштайтия). Носитель фамилии Вебелюнас, скорее всего, имел предков из крестьянского сословия, так как дворянские литовские фамилии чаще оформлялись через -скис. Словом, фамилия — прямое указание на литовские корни и на то, что предок получил прозвище за свой характер или поведение, а потомки закрепили его как родовое имя.