Фамилия Ведюшкин — как и многие русские фамилии на -ин — образована от личного имени. В её основе лежит имя Ведюшка, уменьшительная форма старинного мужского имени Венедикт. Само имя Венедикт пришло на Русь вместе с христианством из латинского языка: латинское benedictus означает «благословенный». Есть и другой оттенок: «тот, о ком хорошо говорят». Так что в далёком прошлом Ведюшкой в семье или в деревне называли человека, носившего полное церковное имя Венедикт.

В русской ономастике суффикс -ин указывает на принадлежность: Ведюшкин буквально означало «сын Ведюшки» или «из семьи Ведюшки». По такой же модели образованы фамилии Петин, Сашин, Митин. Форма Ведюшка — не единственный вариант народного переосмысления имени Венедикт. В говорах встречались также Веденей, Веденея, Веденька — отсюда идут фамилии Веденев, Веденеев, Веденькин. Фамилия Ведюшкин стоит в одном ряду с этими «родственниками», но отличается характерным суффиксом -юшк-, который придаёт имени ласкательный, «домашний» оттенок.

Точное место и время возникновения фамилии Ведюшкин сейчас установить сложно. Процесс становления русских фамилий растянулся на несколько столетий — с XV по XVII век, а у крестьян и до XIX века. Можно предположить, что фамилия закрепилась в центральных или северных областях России, где имя Венедикт было в ходу, а уменьшительные формы на -юшка особенно любили.