Фамилия Вээроя — почти наверняка эстонского происхождения. Её структура и звучание совершенно нехарактерны для русской ономастики, где нет ни суффикса -оя, ни корня вээр-. В эстонском языке фамилия пишется как Vääroja или Vääroja и состоит из двух частей: väärt (в диалектном произношении vääro) — «ценный, достойный» или vääre — «кривой, изогнутый», и oja — «ручей». Таким образом, исходное значение — либо «Ценный ручей», либо, что вероятнее, «Извилистый ручей». Второй вариант правдоподобнее: в эстонской топонимике и фамилиях часто встречаются описания природных объектов по форме (ср. Pikkjõgi — «Длинная река», Kivioja — «Каменный ручей»).

Обратите внимание на суффикс -я в русской передаче. В оригинале это окончание родительного падежа эстонского имени: Vääroja буквально значит «(из) ручья». Такая модель типична для хуторских и фермерских фамилий в Эстонии XIX века, когда крестьянам давали фамилии по названию их усадьбы или месту жительства. Человек, живший у извилистого ручья, получал фамилию Vääroja. В русских документах прибалтийских губерний окончание часто русифицировали, оставляя как есть или меняя на -ев/-ов, но здесь сохранена почти точная транслитерация.

Фамилия очень редкая. Она почти не встречается за пределами Эстонии и, возможно, среди потомков эстонских переселенцев в Сибири или на Дальнем Востоке. В современной Эстонии фамилия Vääroja тоже не входит в число распространённых. Это указывает на то, что её носители происходят из одной конкретной местности, вероятно, с хутора, который и дал название роду. Поиск по эстонским архивам может вывести на хутор Vääroja в какой-нибудь волости — это и будет географической родиной фамилии.

Если вы встретили эту фамилию в русскоязычном контексте, скорее всего, её носитель — эстонец по происхождению, чьи предки сохранили исходное написание при переходе в русское подданство или при записи в метрические книги. Никакого отношения к русским словам «вера» или «вор» она не имеет — это чисто прибалтийско-финская ономастика с прозрачной внутренней формой, описывающей ландшафт.