Фамилия Викшняйкина — редкий случай, когда в основе лежит не русское, а балтийское слово, и это сразу выделяет её среди типичных восточнославянских фамилий. Женская форма Викшняйкина образована от мужской Викшняйкин, а та, в свою очередь, — от прозвища или имени Викшняйка. Суффикс -к- в основе указывает на уменьшительно-ласкательную или просторечную форму, а фамильный суффикс -ин принадлежит к стандартной модели «чей?»: сын Викшняйки.

Корень «викш-» восходит к литовскому или латышскому слову «vikšras» или «viksna» — «жилистый», «крепкий», «выносливый». В балтийских языках так могли называть человека с сильными руками, цепкого, упорного, либо того, кто занимался плетением из лыка или коры (поскольку «vikšra» означает ещё и «лыко», «мочало»). Таким образом, прозвище Викшняйка могло означать либо «крепкий как лыко», либо прямо указывать на ремесло: предок плел лапти, корзины или вил веревки из коры.

Географически фамилия скорее всего происходит из районов, где исторически жили балтийские народы или было сильное литовское влияние: западные области современной России (Псковщина, Смоленщина, Тверская земля), а также Беларусь. Встречаемость фамилии крайне низкая, что типично для балтизмов, не успевших широко распространиться по России.

Обратите внимание на суффикс -яйк-: он характерен для литовских уменьшительных форм (ср. лит. «Vikšriukas» → «Викшряйка»). В русской передаче звук «р» мог отпасть или перейти в «н», что дало «Викшняйка». Спорная версия — связь с финно-угорским «викша» (белка), но она слабее: беличье прозвище дало бы фамилию Викшин, Викшина, а не с таким сложным суффиксом. Балтийское происхождение объясняет и необычное сочетание согласных «кшн», которое режет слух русскому уху, но естественно для литовской фонетики.

Сословно носитель фамилии в XIX веке мог быть крестьянином или мещанином. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В современной России фамилия единична, встречается в основном в Ленинградской и Псковской областях, а также в Москве у потомков переселенцев.