Фамилия Вильгурин — редкая и с неочевидной на первый взгляд этимологией. Её основа, корень «вильгур-», не встречается ни в древнерусских именах, ни в распространённых прозвищах. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от географического названия или от прозвища, имеющего иноязычное, возможно, балтийское или финно-угорское происхождение.

Вероятнее всего, Вильгурин — это притяжательное прилагательное, образованное с помощью суффикса -ин. Этот суффикс в русских фамилиях обычно указывает на принадлежность к отцу или главе семьи: чей сын? — Вильгурин. Сама основа «Вильгур» могла быть прозвищем человека, которое, в свою очередь, восходит к названию местности. Например, в Прибалтике и на северо-западе России встречаются топонимы с основой «Вил-» (от литовского или латышского «vilkas» — волк, или от эстонского «vili» — поле, урожай) и окончанием «-гур» (возможно, искажённое «-кур» или «-гаур»). Вторая часть могла быть связана с финским «kuru» — ущелье, овраг, или с литовским «guras» — старый, дряхлый. Таким образом, предок носителя фамилии мог получить прозвище по месту жительства: «живущий у Волчьего оврага» или «из села Вильгуры».

Интересная деталь: фамилия имеет характерный для польской и белорусской ономастики суффикс -ин, но при этом не является типично славянской по корню. Возможно, она возникла на землях бывшего Великого княжества Литовского, где смешивались славянские, балтские и финские языки. В польском языке есть фамилия Wilgura, от которой через русификацию могла появиться форма Вильгурин. В таком случае, основа «Вильгур» могла быть вариантом имени Вильгельм (через народное «Вильгур» — «Вильгельм» на местный лад) или прозвищем от «wilga» — иволга, но с добавлением -ур (как в фамилиях Кравчур, Мазур). Однако связь с птицей менее вероятна: суффикс -ур в русских фамилиях редок и обычно указывает на западнославянское влияние.

Точных сведений о сословной принадлежности всех носителей фамилии нет, но по структуре она могла принадлежать как крестьянам (отчество от прозвища), так и мелкой шляхте на окраинах Речи Посполитой. Встречаемость фамилии крайне низкая, что говорит о её локальном происхождении — вероятно, из одного-двух родовых гнёзд на границе современных Беларуси, Литвы и Псковской области.