Фамилия Вилимайте — редкий для России пример литовской фамилии с типичным женским суффиксом. Её основа — Вилима, краткая форма от полного личного имени Вилимантас или Вилиманте. В литовской антропонимике суффикс -айт- (-aitė) указывает на незамужнюю женщину, дочь, и по смыслу соответствует русскому окончанию -овна. Поэтому Вилимайте буквально означает «дочь Вилимаса» или «девушка из рода Вилимов». Мужской вариант этой фамилии звучал бы как Вилимас или Вилимайтис.

Само имя Вилимас восходит к двум литовским корням: vilti (надеяться, верить) и mantas (имущество, достояние). В древней балтской традиции такие двухосновные имена были распространены у знати и воинов — они несли пожелание богатства и удачи. Таким образом, предок носительницы фамилии мог быть человеком, которого назвали «надеждой рода» или «тем, на кого опирается имущество».

Встречается фамилия преимущественно в Литве и среди литовской диаспоры. В России, особенно в Калининградской области и на северо-западе, она могла появиться в результате переселений или смешанных браков. Окончание -те в русском языке часто произносят как твёрдое -тэ, хотя в оригинале оно мягче.

Интересная деталь: в литовской традиции фамилии на -айтė не передавались по наследству детям — женщина при замужестве меняла окончание на -ене (жена). Если Вилимайте выходила замуж, она становилась Вилимене. Сохранение девичьей формы в документах часто говорит о том, что женщина оставалась незамужней или жила в эпоху, когда паспортная система фиксировала фамилию раз и навсегда.