Фамилия Вильховченко восходит к топониму Вильховец — так называется село, расположенное в Черкасской области на Украине. Вполне вероятно, что основатель рода Вильховченко был уроженцем этого населенного пункта. Однако не исключено, что фамилия происходит от слов «вiльний» («свободный, вольный») и «ховати» («прятать, таить»). В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Вильховец, со временем получил фамилию Вильховченко.