Фамилия Вилниньш — почти наверняка латышская, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Окончание -инынш (латыш. -iņš) — один из самых частых патронимических (указывающих на родство) суффиксов в латышской ономастике. Он примерно соответствует русскому -ов/-ев или -ин, но с уменьшительным оттенком: буквально «маленький» или «сын такого-то». Таким образом, Вилниньш — это «сын Вилниса» или «маленький Вилнис».

Основа фамилии — личное имя Вилнис (Vilnis). В латышском языке это имя имеет прозрачную этимологию: vilnis означает «волна». Имя могло быть как календарным (в советский период в Латвии были популярны имена из национальной природы и мифологии), так и народным прозвищем. Вряд ли предок был связан с морем напрямую — скорее, имя давали по какому-то внешнему или внутреннему качеству: например, беспокойному, «волнующемуся» характеру или, наоборот, человеку, который «катится как волна», то есть плавно и неудержимо.

В отличие от русских фамилий на -ов, которые закрепились в основном к XVII–XVIII векам, латышские фамилии на -iņš массово оформлялись позже, в XIX веке, в период паспортизации крестьян. До этого у латышей (особенно в Курземе и Видземе) часто не было наследственных фамилий, а были только «отчества» или прозвища на один род. Вилниньш — типичный пример такой поздней, но органичной модели: имя отца (или прозвище) стало основой, суффикс «сына» закрепил родство.

Географически фамилия Вилниньш встречается почти исключительно в Латвии и в латышской диаспоре. В России или Беларуси она редка и, скорее всего, принадлежит потомкам латышских переселенцев конца XIX — начала XX века. По сословной принадлежности предки — почти наверняка крестьяне или батраки: латышские дворяне (немецкого происхождения) таких фамилий не носили.

Интересная деталь: имя Вилнис стало особенно популярным в Латвии в 1930–1950-е годы, поэтому носители фамилии Вилниньш могут быть как потомками человека по прозвищу Волна, так и потомками человека, которого так назвали при рождении уже в XX веке. Второй случай — это уже не прозвище, а «обратная» модель: фамилия образована от официального имени, а не от уличного.