Фамилия Винидченко — яркий пример украинской модели фамилий, образованных с помощью суффикса -енко. Этот патронимический суффикс, означающий «сын» или «потомок» (как польское -ич или русское -ович), стал массово закрепляться на Левобережной и Слободской Украине в XVII–XVIII веках. Винидченко буквально означает «потомок Винидки», где Винидка — производная форма от крестильного имени.

Корень фамилии восходит к каноническому мужскому имени Винидикт (от латинского benedictus — «благословенный»). В народной украинской традиции это имя сократили до Винидко, а затем, по «украинскому» принципу усечения, до Винид. Фамилии на -енко от таких уменьшительных имен — самый распространенный тип в центральной Украине. Аналогичные примеры: Грищенко (от Грицько — Григорий), Тимошенко (от Тимко — Тимофей).

Сложность в написании — через «и» в первом слоге — может указывать на местный говор. В украинском языке на месте древнего «е» в безударной позиции часто слышится и пишется «и» (фонетическое явление «икавизм»). Поэтому в документах XIX века фамилию могли записывать и как Венедиченко (от полной формы Венедикт — церковнославянский вариант того же имени). Форма Винидченко закрепилась как более народная, «украинизированная».

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям Украины — Черкасской, Полтавской, Киевской. В российских переписях она встречается редко, преимущественно у потомков переселенцев с Украины. Сословно носители фамилии относились к казакам или крестьянам: в реестрах Запорожского войска или метрических книгах сельских церквей XVIII века человека записывали по отцу — «Винидченко», то есть «Винидкин сын».

Редкий вариант с суффиксом -ченко, а не -енко, может говорить о том, что основа была не Винидко, а Винидка (женское имя или прозвище). Но в данном случае это маловероятно: -ченко — стандартный фонетический переход от основ на -к (Винидк-о → Винидченко). Фамилия не имеет отношения ни к вину, ни к винту — это чисто антропонимическая история, где за неблагозвучным для современного уха сочетанием стоит обычное христианское имя.