Фамилия Вистобашоев — один из тех редких случаев, когда русская фамилия хранит в основе иноязычное прозвище, причём не тюркское (что привычнее), а, скорее всего, западнославянское или балтийское. Первая часть, «Висто-», вероятно, восходит к польскому или чешскому слову, означающему «свист» или «свисток» (ср. польск. wist или чешск. vist). Вторая часть, «-баш-», на русской почве могла превратиться из «баш» (голова, верхушка) — это характерно для тюркских заимствований. Но в данном случае логичнее видеть здесь славянский корень «баш» от глагола «басить» (говорить громко, баском) или от «башлык» (капюшон, головной убор).

Самый правдоподобный вариант: прозвище Вистобаш могло означать человека, который «свистит басом» — либо из-за необычного тембра голоса, либо по роду занятий (например, пастух, подзывавший скот особым свистом). Суффикс «-оев» указывает на русскую фамильную модель, типичную для фамилий на «-ов», но с адаптацией под мягкую основу: Вистобаш → Вистобашев, а затем, под влиянием произношения, перешедшую в «Вистобашоев». Такая замена «е» на «о» после шипящего встречается в южнорусских говорах и в фамилиях, записанных через «ё» (ср. Хрущёв — Хрущов).

Географически фамилия почти не встречается в современных справочниках. Можно предположить, что её носители — потомки выходцев из западных губерний Российской империи (Белоруссия, Смоленщина), где смешались славянские и балтийские диалекты. Возможно, предок был переселенцем или беженцем, чьё прозвище в новой среде записали на слух, не заботясь о точной этимологии.

Иных версий, кроме как от прозвища, у фамилии нет. Ни с каким ремеслом или социальным слоем она не связана — это чисто бытовая, описательная фамилия, каких много в крестьянской среде XIX века.