Фамилия Вижуткина — женская форма от Вижуткин. Её основа — прозвище или мирское имя Вижутка, а оно, в свою очередь, восходит к глаголу «визжать» или к диалектному слову «визгун» (крикливый, плаксивый человек). В северных и вологодских говорах «вижуткой» могли называть того, кто постоянно ноет или скулит, но без злого оттенка — скорее как бытовую характеристику. Суффикс -к- в основе типичен для уменьшительно-пренебрежительных форм личных имён и прозвищ в Древней Руси: Петрушка, Васька, Митька — и Вижутка строится по той же модели.

Фамилия образована по патронимической схеме на -ин, что указывает на принадлежность потомку человека по прозвищу Вижутка. В документах XVII–XVIII веков такие фамилии чаще всего встречались у крестьян и посадских людей, особенно на Русском Севере и в Поволжье. Географически Вижуткины — редкая фамилия; по переписям XIX века её носители фиксировались в основном в Вятской и Костромской губерниях, что косвенно подтверждает северное происхождение основы.

Есть и менее вероятная версия: от финно-угорского корня, например, «вижу» (вода) или «виз» (пять) в коми-зырянских языках. Но она не объясняет суффикс -утк-, характерный именно для русских прозвищных форм. К тому же в тех же регионах бытуют однокоренные фамилии Визгин, Визжалов, Визгунов — все они связаны со звукоподражанием или манерой поведения, а не с иноязычной лексикой. Поэтому версия с «визжать» выглядит убедительнее.

Ономастический словарь Б. Унбегауна относит подобные образования к группе «говорящих» прозвищ, которые давали по внешнему признаку или привычке. В случае Вижуткиных предок, скорее всего, обладал резким голосом или был излишне эмоциональным в быту — прозвище закрепилось за ним, а потом перешло в фамилию уже без отрицательной окраски.