Фамилия Водунай — редкий пример того, как народное переосмысление церковного имени закрепилось в прозвище, а затем и в фамилии. В её основе лежит имя Водунай, которое является просторечной, диалектной формой канонического имени Венедикт. Само имя Венедикт восходит к латинскому Benedictus, что значит «благословенный». По другой версии, его толковали как «тот, о ком хорошо говорят». В русской крестьянской среде сложные латинские имена нередко упрощали и перекраивали на свой лад — так Венедикт превращался в Веденей, Воденя, а в некоторых говорах и в Водунай.

Фамилия образована по типичной восточнославянской модели: к основе Водунай добавился нулевой суффикс (фамилия фактически совпадает с прозвищем). Такая форма без патронимического суффикса -ов или -ин встречается реже, но она указывает на то, что прозвище Водунай закрепилось за человеком напрямую, без дополнительного оформления «чей?». В официальных документах XVI–XVII веков подобные бессуффиксные фамилии часто фиксировались у казаков, однодворцев и жителей северных и центральных губерний.

Святой покровитель имени — преподобный Бенедикт Нурсийский, основатель первого в Европе монашеского ордена, которого называют «отцом западного монашества». Однако для русского крестьянина, назвавшего сына Водунаем, эта связь была уже неочевидной: имя воспринималось как своё, родное, а не книжное. Географически фамилия Водунай встречается крайне редко, преимущественно на юге России и в украинских говорах, где формы на -ай (Водунай, Мамай, Кучмай) более характерны.