Фамилия Водзаковская — женская форма фамилии Водзаковский, и её разбор стоит начать с суффикса, который сразу указывает на географическое происхождение. Суффикс -ский/-цкий (в женском роде -ская/-цкая) в русских фамилиях традиционно образовывался от названий населённых пунктов: сёл, деревень, местечек. Это не отчество и не прозвище по ремеслу, а указание на то, что предок носителя фамилии владел землёй в определённом месте или происходил оттуда. Такие фамилии в XVII–XIX веках были типичны для польской и западнорусской шляхты, а позже — для духовенства и мещан.

Основа Водзак- (Водзак) не имеет однозначного толкования в русском языке. Скорее всего, это топоним — название деревни или урочища. В польском языке есть слово «wodzak» (производное от «woda» — вода), которое могло означать «водяной», «живущий у воды», или же быть прозвищем человека, связанного с водой: рыбака, перевозчика, мельника. Не исключено, что корень восходит к диалектному «водзак» — так в некоторых говорах называли водяной знак на бумаге или водяной жёлоб. Но для фамилии более вероятна географическая привязка: на карте Польши и Западной Беларуси встречаются микротопонимы Водзаки, Водзаково, от которых и пошла фамилия.

Интересная деталь: фамилия Водзаковская — редкая, и её написание с буквой «з» (а не «с») указывает на польское или белорусское происхождение. В русской традиции аналогичная фамилия чаще писалась бы как Водаковский или Водяковский. Вариант с «дз» (Водзаковская) характерен для регионов, где был распространён «дзекающий» говор — то есть для белорусских земель, а также для восточных воеводств Речи Посполитой. Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Водзаковский стоит в одном ряду с Водзинским, Водзянским, Водяковым, но отличается именно топонимическим суффиксом.

Сословно предки Водзаковских могли быть мелкими шляхтичами или крестьянами, получившими фамилию по названию хутора. Точных данных о конкретном населённом пункте нет, но логично искать его в бывшей Гродненской или Минской губернии. Фамилия сохранила в себе память о месте, которое, возможно, уже исчезло с карты, но осталось в звучании этой редкой фамилии.