Фамилия Водженцев — редкий случай, когда суффикс -ев скрывает нестандартную основу. В большинстве русских фамилий на -ев ударение падает на суффикс (Ива́нов, Петро́в), но здесь оно на корне: Во́дженцев. Это сразу наводит на мысль, что основа не от имени Водя или Вождь, а от более сложного прозвища или профессии.

Скорее всего, в основе лежит слово «водж» — диалектный вариант «вождь» или «вожатый». В южнорусских и украинских говорах «водж» означало «проводник», «предводитель», иногда «пастух». Суффикс -енц- (сравните: братец → братцев, отец → отцев) указывает на то, что фамилия образована от имени-прозвища Водженец. То есть человек по прозвищу Водженец — тот, кто водит, ведёт. Его потомки стали Водженцевыми.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с гидронимом или топонимом. В бассейне Дона и Днепра встречаются речки с корнем «вод-» (Водяна, Водопой), но суффикс -енц- там нехарактерен. Если бы фамилия пошла от названия реки Воджанка, форма была бы Воджанцев. Поэтому прозвищное происхождение надёжнее.

Географически фамилия тяготеет к югу России — Ростовская область, Краснодарский край, Ставрополье. В центральных и северных регионах она почти не встречается. Это подтверждает связь с южнорусскими говорами, где «водж» было в ходу.

Словообразовательная цепочка проста: водж (водить) → Водженец (тот, кто водит) → Водженцев (сын Водженца). Фамилия не дворянская, не купеческая — типично крестьянская или казачья, где прозвища давали по занятию или характерному действию. Предок носителя, скорее всего, был пастухом, проводником или старшим в артели — тем, кого «воджем» называли односельчане.