Фамилия Воджупайтисов — один из тех редких случаев, когда русская фамилия образована от литовской основы. Её разбор стоит начать с суффикса: окончание -ов указывает на принадлежность, характерную для русской модели фамилий. Перед нами типичная русификация литовской фамилии, которая в оригинале звучала бы как Vaidžupaitis или Vaidžupaitis.

Корень фамилии восходит к литовским словам «vaidžiuti» (колдовать, ворожить) или «vaidinti» (изображать, представлять). Вторая часть — «paitis» — может быть связана с литовским «paiti» (потеть, трудиться) или же являться частью сложной фамилии, где «-paitis» — это вариант суффикса патронимического типа. В литовской ономастике суффикс -aitis указывает на потомка, сына. Таким образом, Vaidžupaitis — это «сын колдуна» или «сын того, кто ворожит». В русской передаче суффикс -aitis трансформировался в -айтис, а затем к нему добавили русское -ов, чтобы вписать фамилию в привычную для восточных славян парадигму склонения.

Географически фамилия Воджупайтисов — явление редкое. Она могла возникнуть на территориях бывшего Великого княжества Литовского, где литовское и славянское население жило вперемешку: в современных Беларуси, Литве или на северо-западе России (Псковская, Смоленская области). Носитель такой фамилии в XIX веке — скорее всего, выходец из литовской или белорусско-литовской крестьянской среды, который при переходе в православие или при записи в ревизские сказки получил русифицированную форму фамилии.

В отличие от многих фамилий, где основа — очевидное прозвище, здесь скрывается указание на занятие предка: колдовство, знахарство или, возможно, театрализованное представление (если исходить из значения «изображать»). В литовской народной культуре «вайдус» — это не только колдун, но и сказитель, народный актёр. Так что предок мог быть не столько пугающим чародеем, сколько уважаемым в деревне человеком, владеющим тайными знаниями или развлекающим общину.

Вариант написания «Воджупайтисов» с буквой «дж» — это попытка передать литовский звук «dž» (как в слове «džiaugsmas» — радость). В литовском оригинале фамилия, скорее всего, писалась бы Vaidžupaitis, где «dž» произносится мягко, близко к русскому «джь». Встречаются и другие варианты русификации: Вайджупайтисов, Воджупайтис (без русского суффикса). Но форма с -ов — самая показательная: она выдаёт человека, который уже не просто литовец, а подданный Российской империи, чья фамилия прошла через канцелярию.