Фамилия Вофоходжаев — редкий пример фамилии, образованной от арабского имени с иранским суффиксом, что делает её уникальной даже на фоне других фамилий восточного происхождения. Основа фамилии — мужское имя Вофоходжа (также Вафоходжа), которое состоит из двух частей: «Вафо» (араб. وفاء — «верность», «исполнение обещания») и «ходжа» (перс. خواجه — «господин», «хозяин», «учитель»). В исламской традиции «ходжа» — почётный титул, который носили духовные лица, купцы или уважаемые старейшины. Таким образом, имя Вофоходжа можно перевести как «верный господин» или «хранитель обещаний».

Фамилия образована по русской словообразовательной модели: к основе Вофоходжа добавили суффикс -ев, типичный для русских фамилий, которые произошли от имён или прозвищ. Такой способ оформления — не редкость среди фамилий народов Средней Азии и Кавказа, попавших в русскую паспортную систему в XIX–XX веках. Изначально фамилия закрепилась в среде оседлого населения Узбекистана, Таджикистана и южных регионов Казахстана, где были распространены имена с компонентом «ходжа». Носители фамилии Вофоходжаев — потомки человека, которого в общине знали как Вофоходжу, вероятно, религиозного деятеля или уважаемого ремесленника.

Интересная деталь: в отличие от многих восточных фамилий на -ов/-ев (например, Таджибаев, Каримов), здесь суффикс присоединился не к целому имени, а к его искажённой форме — с утратой гласной «а» в начале (Вофоходжа вместо Вафоходжа). Это могло произойти из-за особенностей местного произношения или при записи фамилии в русских документах. Вариант с «Вафоходжаев» тоже встречается, но реже. Оба варианта восходят к одному корню.

Сословная принадлежность предков Вофоходжаевых, скорее всего, не была аристократической — титул «ходжа» в Средней Азии часто передавался по наследству, но не давал дворянства. Носители фамилии могли быть ремесленниками, мелкими торговцами или служителями мечети. Географически фамилия почти не выходит за пределы Центральной Азии, а в России встречается единично, в основном у выходцев из этого региона.