Фамилия Вонахун — редкая и неочевидная для русского уха, и её происхождение стоит искать не в славянских землях, а в культурах, где имя или прозвище строилось по иной модели. Наиболее вероятная версия — связь с тюркскими или монгольскими языками. В них основа «она» или «ун» нередко означает «десять», а «хун» — «человек», «народ» или «воин» (ср. с этнонимом «хунну»). В таком случае Вонахун могло быть прозвищем, данным человеку по какому-то числовому признаку (например, десятый сын в семье) или по принадлежности к определённой группе. Суффикса -ов, -ин в фамилии нет, что указывает на её возможное заимствование без адаптации через русские патронимические модели — такое бывает, когда фамилию принесли переселенцы или она закрепилась в документах в исходной форме.

Вторая гипотеза, хотя и менее обоснованная, отводит корень к немецкому или голландскому языку, где «von» (фон) указывает на дворянское происхождение, а «Hun» — на прозвище «гунн». Но в русской записи «Вонахун» слитное написание без пробела и частица «во-» вместо «фон» делают эту версию натянутой: скорее всего, это случайное созвучие, а не реальный путь образования. Географически фамилия встречается единично, в основном в документах XIX — начала XX века на юге России и в Сибири, что косвенно подтверждает тюркскую версию — именно в этих регионах чаще оседали носители восточных прозвищ.

С точки зрения словообразования, Вонахун — это застывшее прозвище или личное имя, которое не переделывали в типичную русскую форму. Предок человека с такой фамилией мог быть выходцем из кочевых народов (казахов, башкир, ногайцев) или получить прозвище в среде казачества, где часто смешивались языки и традиции. Точного слова «вон» или «вона» в русском языке как основы нет, поэтому искать здесь славянский корень бесперспективно.