Фамилия Вониченогин — один из тех редких случаев, когда прозвище перешло в наследственное имя практически без изменений, сохранив свою первоначальную гротескную выразительность. Её основа — словосочетание «воничая нога». Слово «воничая» — это старая форма прилагательного «вонючая», то есть дурно пахнущая. Таким образом, прозвище Вониченога (или в более кратком варианте Вонинога) давали человеку с больной, гниющей или просто немытой ногой.

Словообразовательная модель здесь нестандартна. Фамилия образована не от существительного, а от целого словосочетания с помощью суффикса -ин. Обычно суффикс -ин присоединяется к основам на -а/-я: Вониченога — Вониченогин. Это делает фамилию похожей на притяжательное прилагательное («чей?» — Вониченогин), указывающее на прямую связь с конкретным человеком по прозвищу. Встречаются и варианты написания — Вониче-Ногин или Вониченогов, но форма на -ин исторически точнее передаёт исходное прозвище.

Географически фамилия крайне редка и, скорее всего, имеет локальное происхождение в одной из северных или центральных областей России, где диалекты сохраняли полногласные формы и не редуцировали окончания. В отличие от фамилий-«прилагательных» на -ский, которые часто давались по названию поместья, Вониченогин — типичная «уличная» фамилия, возникшая в крестьянской или посадской среде. Прозвище могли дать не в насмешку, а как констатацию очевидного физического недостатка или болезни — например, при трофической язве или «слоновости» ног, которые в условиях антисанитарии были реальностью.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Вонин, Вонючкин, Воняев) показывает, что корень «вонь» в русских прозвищах не всегда носил резко негативный оттенок — он мог означать просто сильный, резкий запах, в том числе запах пота, дыма или болота. Однако в паре с «ногой» (Вониченогин) значение становится предельно конкретным: это человек, чья нога издавала стойкий неприятный запах. Сословная принадлежность, скорее всего, крестьянская или однодворческая — в дворянских гербовниках и родословных книгах такая фамилия не зафиксирована.