Фамилия Вонун — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, она не имеет отношения к глаголу «вонять» или слову «вонь», несмотря на внешнее сходство. В русских говорах слово «вонун» не фиксируется как нарицательное, поэтому корень фамилии, вероятно, иноязычный.

Первая версия — тюркское происхождение. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) есть корень «вон» или «он» в значении «десять», а также личное имя Вон (Он). Суффикс «-ун» мог указывать на принадлежность или уменьшительную форму. Таким образом, Вонун могло быть прозвищем или ласковым именем, означающим «десятник» или «десятый (ребёнок)». Эта гипотеза подтверждается тем, что многие русские фамилии с неясной славянской этимологией на поверку оказываются кальками или заимствованиями из языков Поволжья.

Вторая версия — финно-угорская. В коми или удмуртском языке есть слово «вон» (брат, родственник). Суффикс «-ун» в этих языках — распространённый именной показатель. Вонун могло означать «братец», «младший родственник». Географически это связывает фамилию с северо-востоком европейской части России (Пермский край, Удмуртия, Кировская область).

Третья, менее вероятная версия — искусственное происхождение. В XIX веке при переписях крестьянам иногда давали фамилии произвольно, по первому услышанному слову или искажённому прозвищу. Вонун могло возникнуть как искажение фамилии Воронов или Вонючий, но это лишь догадка.

Морфологически фамилия не имеет типичного русского суффикса (-ов, -ин, -ский), что указывает на её позднюю фиксацию или нерусские корни. Она стоит в чистой форме, без патронимического окончания, и могла сохраниться в таком виде у крещёных татар или коми-зырян.

Встречаемость фамилии крайне низкая. По открытым данным, носители Вонун живут в основном в Татарстане и Башкортостане, что косвенно подтверждает тюркскую версию. Известных исторических личностей с такой фамилией нет — это редкая фамилия, скорее всего, деревенская, не попавшая в дворянские родословные книги.