Фамилия Вонводин — редкий случай, когда за основу взято не имя, не профессия и не географическое название, а, скорее всего, прозвище, связанное с образом жизни или характером человека. Чтобы понять её корни, достаточно разбить слово на части: «Вон-» (или «Вонь-») и «-водин». Первая часть — «вонь» в древнерусском языке означала не только неприятный запах, но и зловоние, смрад, а в переносном смысле — нечистоту, скверну. Вторая часть — суффикс -ин — указывает на принадлежность: «сын того, кого звали Воньвода».

Само прозвище Воньвода (или Вонвода) могло возникнуть в крестьянской или посадской среде, где прозвища давали метко и без лести. Воньводой могли назвать неряшливого человека, который не следит за собой или живёт в грязи. Но есть и другая, более правдоподобная версия: в некоторых русских говорах «вонь» означала не только запах, но и «воньё» — брань, ссору, перебранку. Тогда Воньвода — это сварливый, склочный человек, «водящий вонь» (то есть раздувающий ссору). Такое прозвище вполне могло закрепиться за тем, кто постоянно ругался или провоцировал конфликты.

Фамилия образована по типичной восточнославянской модели: прозвище + суффикс -ин. Однако обращает на себя внимание необычное сочетание звуков: «вон» + «вод». Это не типичный корень, как, например, в фамилиях Водянов или Водопьянов. Здесь явно слышна глагольная основа «водить» (от «водить»), что подтверждает версию о действии — «водить вонь». В словаре русских фамилий Б. Унбегауна подобные модели упоминаются как редкие, и Вонводин стоит в одном ряду с такими же «неблагозвучными» фамилиями, как Вонлярский или Вонючий, но в отличие от них, Вонводин сохраняет глагольную динамику.

Географически фамилия встречается крайне редко. Основные очаги — центральные и северные регионы России (Вологодская, Архангельская, Костромская области), где в диалектах сохранилось слово «вонь» в значении «брань, ругань». В южных говорах это слово имело иное значение, поэтому там фамилия почти не фиксируется. Социальный состав носителей в XIX веке — преимущественно государственные крестьяне и мещане; в дворянских родословных книгах Вонводины не значатся.

Таким образом, предок носителя фамилии Вонводин — это человек, получивший прозвище за неуживчивый характер или за неопрятность. Фамилия не имеет отношения к воде или вождению в современном смысле, а её основа — старинное народное слово, которое сегодня почти вышло из употребления.