Фамилия Вонюнько — яркий пример того, как прозвище, данное предку, закрепилось в официальном родовом имени. Вопреки возможным ассоциациям, её основа не обязательно связана с неприятным запахом в современном понимании.

Словообразовательная модель указывает на украинское или южнорусское происхождение. Суффикс -енко (в данном случае в форме -нько после мягкого согласного) — один из самых распространённых формантов для фамилий на территории Украины. Он означает «сын» или «потомок», то есть Вонюнько — это буквально «маленький Вонюня» или «сын Вони».

Само прозвище Воня (или Вонюня) в старину имело иной смысл. В древнерусском языке и говорах глагол «вонять» первоначально означал «пахнуть» вообще, без негативной окраски. Прозвище могли дать человеку, который работал с резкими, но естественными запахами: кожевнику, смолокуру, дегтярю, рыбаку, занимавшемуся вялением рыбы. Кроме того, в диалектах слово «воня» могло означать «дух», «сила», «здоровье» — и тогда прозвище носило обережный или даже пожелательный характер.

Версия о прямом происхождении от нечистоплотного человека менее вероятна: в крестьянской среде, где работа с навозом, потом и грязью была повседневностью, такое прозвище не было бы оскорбительным, но скорее указывало бы на конкретный род занятий. Социальный контекст: фамилии на -енко в XVI–XVII веках получали в основном казаки и мещане, реже — крестьяне. Носитель фамилии Вонюнько мог быть запорожским казаком, чьё прозвище отражало специфику походного быта (дым костров, порох, деготь на сапогах), или ремесленником в местечке на Левобережной Украине.

Редкое окончание -нько (а не стандартное -енко) может указывать на конкретный говор: в некоторых регионах Черниговщины или Полтавщины форма «Вонюнько» звучала бы как уменьшительно-ласкательная, что придаёт фамилии оттенок не прозвища-характеристики, а скорее семейного, «домашнего» имени основателя рода.