Фамилия Вонюр — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Если отбросить случайные искажения при записи, её основа, скорее всего, не русская, а западноевропейская. В русском языке нет корня «вонюр» со значением, которое могло бы лечь в основу прозвища или профессии. Поэтому первая и главная версия — фамилия образована от французского слова «bonheur» (счастье, удача). При переходе в русскую среду и при устной передаче «бонёр» могло превратиться в «Вонюр» через замену начального звонкого «б» на глухой «в» (явление, известное в диалектах и при заимствованиях) и редукцию гласных.

Модель образования здесь нестандартная. Фамилия не имеет типичных русских суффиксов (-ов, -ин, -ский). Она застыла в форме, близкой к исходному иноязычному слову. Это указывает на то, что предок носителя фамилии мог быть иностранцем, получившим прозвище по какому-то качеству («счастливчик»), или же фамилию искусственно дали в духовном сословии. В семинарской среде XVIII–XIX веков было принято переводить или переделывать фамилии на латинский, греческий или французский манер, давая «благозвучные» варианты. «Вонюр» мог возникнуть как калька или переосмысление русской фамилии Счастливцев или Удачин.

Менее вероятна, но возможна связь с немецкой фамилией Wohner (от нем. wohnen — жить, обитать) или с диалектным вариантом фамилии Wonnur. В этом случае человек, переселившийся в Россию, получал прозвище «жилец», «обитатель», которое затем русифицировалось в Вонюр. Окончательное решение о происхождении можно было бы принять только при наличии точной географической привязки: если фамилия встречается в западных губерниях (бывших польских или немецких колониях), версия с заимствованием усиливается. В центральной России такая фамилия — почти наверняка искусственное семинарское образование.

География фамилии крайне узкая. В современных базах данных Вонюр встречается единично, преимущественно на юге России и в Поволжье. Это косвенно подтверждает версию о единичном акте присвоения фамилии (одному роду) или о сильном искажении исходной формы при переселении. Никаких известных исторических деятелей с этой фамилией не зафиксировано.