Фамилия Ворожченко образована по распространённой в украинской и южнорусской ономастике модели с суффиксом -енко. Этот суффикс, первоначально означавший «сын» или «потомок», указывает на то, что основателем рода был человек по прозвищу Ворожка или Ворожко. Само прозвище происходит от глагола «ворожить» — колдовать, заниматься гаданием, предсказывать судьбу. В старину ворожей (или ворожка) — это знахарь или колдун, к которому ходили за советом, лечением или предсказанием. В отличие от «колдуна», слово «ворожей» часто имело нейтральный или даже уважительный оттенок: ворожей мог считаться мудрым человеком, знающим тайные силы природы. Таким образом, предок носителя фамилии Ворожченко, скорее всего, был деревенским знахарем, гадателем или просто человеком, за которым закрепилась такая характеристика.

Интересная особенность этой фамилии — связь с древним славянским корнем «ворог» (враг, нечистая сила), от которого образованы и «ворожить», и «ворожба». В народном сознании умение «ворожить» граничило с опасным знанием, поэтому прозвище могли дать не только профессиональному колдуну, но и человеку с хитрым, проницательным умом или необычной судьбой. В отличие от фамилий с суффиксом -ов/-ев (Ворожков, Ворожев), форма на -енко типична для Левобережной Украины, Слобожанщины и южных областей России, особенно для Курской, Белгородской и Воронежской губерний, где украинское влияние было сильным.

В документах фамилия встречается с XVII–XVIII веков, когда на этих территориях активно закреплялись прозвищные фамилии. Важно не путать Ворожченко с похожей фамилией Ворожцов — последняя образована от той же основы, но с другим суффиксом (-цов) и более характерна для северных областей. Ворожченко же — яркий пример того, как прозвище, данное по занятию или качеству, стало родовым именем, сохранив память о народной культуре и быте, где магия и знахарство были обыденной частью жизни, а не просто сказкой.