Фамилия Вотоновский — одна из тех, что сразу выдают своё происхождение по модели образования. Суффикс -ский указывает на то, что перед нами типичная «географическая» фамилия, которую в XVI–XIX веках получали дворяне по названию своих поместий, а также священники при поступлении в семинарию (так называемые семинарские фамилии). Однако в основе лежит не топоним, а редкое прозвище или имя.

Корень «Вотон-» скорее всего восходит к диалектному слову «вотоня» — так в некоторых русских говорах называли болотистое, топкое место, зыбкую почву. Человек мог получить прозвище Вотоня либо по месту жительства (жил у вотони), либо по внешности или походке (медлительный, «вязкий»). Фамилия Вотоновский в таком случае означает «происходящий от Вотони» или «принадлежащий к роду Вотони». Менее вероятна, но возможна связь с личным именем Вот (Вот, Вотя, Вотяк) — сокращённой формой от Вотислав или от крестильного имени Фотий (в народном произношении — Вот, Вотей). Тогда Вотоновский — это «сын Вотона», то есть потомок человека с таким именем.

С точки зрения словообразования фамилия необычна: суффикс -ов- между корнем и -ский встречается реже, чем прямое прибавление к основе. Обычно -ов- появляется, если основа оканчивается на твёрдый согласный (Вотон → Вотонов → Вотоновский). Это косвенно подтверждает, что исходным было прозвище Вотон или Вотоня, а не название деревни (в последнем случае фамилия звучала бы как Вотонский).

Географически фамилия Вотоновский редкая. В дореволюционных источниках она встречается в основном на северо-западе России — в Новгородской, Псковской, а также в Вологодской губерниях. Это совпадает с ареалом слова «вотонь» (зыбкое болото), что делает версию с прозвищем по месту жительства наиболее правдоподобной. Среди носителей фамилии были и крестьяне, и мещане, но встречались и священники — в духовном сословии такие «географические» фамилии давали не только по селу, но и по характерной примете местности.

Таким образом, предки современного Вотоновского, скорее всего, жили на болотистой земле или получили прозвище по этой особенности. Фамилия сохранила память о природном ландшафте, который был обычен для северных русских земель, но почти исчез из языка.